Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".

En convalescence dans l'Ouest, un professeur est pris en otage par un hors-la-loi. A son contact, il prend goût a la violence et se transforme en criminel sans pitié.

Prêt à tout pour satisfaire sa soif destructrice de domination du monde, Sato contraint Kei et Ko à faire des choix cornéliens pour le contrer.

Renversé par un camion en rentrant de l’école, le jeune Kei meurt sur le coup. Mais quelques instant plus tard, il ressuscite mystérieusement. Dès lors, sa vie de lycéen bascule. Une étrange organisation gouvernementale tente par tous les moyens de le capturer afin de mener des expériences scientifiques sur lui. Rapidement, il apprend qu’il n’est pas le seul être dans cette situation périlleuse, et qu’il semble être ce que certains nomment un “Ajin”. Personne ne sait exactement comment ils sont apparus ni pourquoi ils existent. Mais les services spéciaux du gouvernement sont prêts à user de tous les moyens pour le découvrir, car rien à leurs yeux n’est plus dangereux pour l’humanité… qu’un être immortel !

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…

Kino no Tabi raconte l'histoire du voyage d'une jeune fille s'appelant Kino et de sa moto parlante se nommant Hermes. Durant ce voyage, les deux héros découvriront que le monde qui les entoure n'est pas si bien qu'il n'y parait, mais que paradoxalement ces défauts le rendent beau...

Un ado découvre qu'il est un Ajin et s'enfuit avant que les autorités ne le soumettent à des expériences. Les autres Ajin voulant se rebeller, il doit choisir son camp.

C'est les vacances d'été. 15 jeunes collégiens sont dans un camp de vacances au bord de la mer et décident d'explorer une grotte. Ils tombent alors sur une salle bourrée d'ordinateurs. Le propriétaire des lieux est un homme plutôt âgé qui dit s'appeler Kokopelli et travailler sur un nouveau jeu auquel il leur propose de participer. Le principe est simple : ils doivent contrôler un robot géant afin de détruire 15 machines extra-terrestres qui menacent la Terre. Ils acceptent tous avec joie et se réveillent alors sur la plage, comme sortis d'un long rêve... C'est alors qu'ils se retrouvent transportés à l'intérieur du robot où Kokopelli est aux commandes. Il se propose de détruire le premier des 15 ennemis et va, sous leurs yeux, anéantir l'immense créature qui venait d'apparaître dans la baie. Il confie alors aux enfants la tâche de détruire à leur tour les 14 autres ennemis qui apparaîtront de façon aléatoire et... S'excuse. Car si les enfants sont persuadés de participer à un simple jeu vidéo, ils réaliseront rapidement l'horreur de la situation et de ce jeu malsain d'où la seule issue semble être une mort certaine...