L’histoire nous entraîne aux côtés de 4 camarades de classe qui ne se connaissent pas vraiment mais qui doivent travailler ensemble sur un projet scolaire en rapport avec la musique. Jun est une fille dont les mots ont été scellés lorsqu’elle était enfant par la fée des œufs pour l’empêcher de blesser les autres. En effet, à cause d’une certaine chose qu’elle a dite lorsqu’elle était très jeune, sa famille s’est déchirée. Depuis ce jour, Jun ne s’est plus fait d’amis. Mais, un jour, elle est nommée responsable de la comédie musicale du lycée dont elle tiendra aussi le premier rôle.

Junyer Bear a un certain nombre de surprises pour Good Ol 'Pa sur Good Ol' Father's Day, qu'il les cherche ou non.

Yamato arrive à Tokyo dans le but de suivre ses études. Il habite chez sa tante qui tient des bains d’eau chaude publiques pour femmes. En arrivant dans la capitale, il est attiré par une fille en train de faire du saut en hauteur. Peu de temps après il remarque que cette fille est en faite sa voisine. Dès lors, sa vie ordinaire commence à changer.

Maintenant diplômés, une bonne partie des membres du Genshiken ont laissé un vide derrière eux après leur départ que Ogiue, la nouvelle présidente du club, doit essayer de combler. Avec Ohno, Sue et Kuchiki, elle tente de trouver le meilleur moyen d'attirer du monde lors de la journée consacrée aux nouveaux étudiants. Grâce à ses talents de dessinatrice et au cosplay, trois nouvelles têtes rejoignent l'aventure dont Hato, un jeune garçon qui aime s'habiller en fille. Une nouvelle génération, plus féminine que jamais, se met ainsi en marche.

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