En 1986, Kinzô Ushiromiya, à la tête de la famille Ushiromiya, étant mourant, décide d'inviter les onze membres de sa famille à se rendre sur l'île privée de Rokkenjima afin de se décider sur le déroulement de son héritage. Sur cette île se trouve également cinq serviteurs, ainsi que le physicien de M. Ushiromiya. Cependant, une soudaine tempête empêchera les personnes présentes sur l'île de partir. Peu après, les personnages commencent à disparaître mystérieusement.

La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d'un garçon de cinq ans, Sôsuke.

Quatre jeunes filles se transforment en super-héroïnes pour défendre la Terre et le royaume magique de Splendorius des attaques d'un roi cruel et de ses sbires.

Nous sommes dans l'ère Meïji. À ce moment là, le Japon est en train de changer. Des filles renardes venant tout droit des marais vivent dans la partie Youkaï de la ville. Celles-ci vont devoir coopérer avec une délégation de jeunes soldats, dans le but de faire régner la bonne entente entre renardes et Youkaïs.

Suite à l'incendie de l'asile où ils étaient enfermés quatre hommes, dont l'un, Ciak Mull, a perdu la mémoire, s'évadent et se rendent à Dodge City. Deux familles s'y font la guerre, hors Ciak Mull est le fils du chef de l'une d'entre elle. Le temps passe, la mémoire ne lui revient pas. Il devient la proie d'une machination et, aidé jusqu'au sacrifice par ses amis, sortira indemne de l'aventure pour partir vers un avenir meilleur accompagné de la femme qu'il aime.