Glass Fleet prend place dans une galaxie où même si la technologie est assez évoluée pour avoir conçu des vaisseaux spatiaux, la société est restée ancrée dans une tradition monarchiste rappelant fortement à notre ancien régime. Depuis la disparition de la famille royale, quinze ans auparavant et suite à son putsh, le Saint Empereur Vetti Lunard Sforza de Roselait dirige la galaxie d'une main de fer. Mais la plèbe se rebelle avec son Armée Populaire menée par Michel Volban de Cabelle. La résistance trouvera une aide inattendue en un gigantesque vaisseau de verre à la technologie supérieure dont le capitaine, Cleo Aiolos Corbeille de Veil, affirme descendre de la famille royale éteinte...

Dans le Pacifique, un cyclone gigantesque et permanent a fait son apparition : le Grand Roar. Les bouleversements climatiques engendrés ont affecté la face du monde et on assiste à l'avènement des routes maritimes. La tranquillité du commerce et du tourisme est fortement perturbée par l'émergence d'organisations terroristes : les pirates. Nagimiya Hyousuke débarque au sein d'une entreprise d'escorteurs de convois en tant qu'ingénieur. Il fait rapidement connaissance (et de façon très animée) avec les principaux membres de l'équipage du Pascal Mage. Un escorteur dont le capitaine n'est autre que Misaki Nanaka, vieille connaissance de Hyousuke...

L’équipe d’un bateau accoste sur une île mystérieuse pleine de créatures préhistoriques. Ils croisent rapidement d’autres survivants qui se sont échoués au cours des années.

Une série de massacres. Tous concernent de jeunes délinquants trempant dans la drogue et autres sordides activités, toutes les victimes sont affreusement dénaturées, toutes les pistes ne mènent nulle part... Mais Shiki et Kokutou ne tardent pas à faire le lien avec un crime d'un tout autre genre, celui du viol d'une jeune fille prénomée Asagami Fujino.

L'histoire tourne autour de Kazuma Yagami. Il est un descendant d'une lignée qui maitrise le feu à l'aide de techniques ancestrales, mais comme il n'a aucun talent dans ce domaine, sa famille l'a chassé ! Parti vivre à l'étranger, Kazuma a développé d'autres techniques autour du vent, après avoir signé un contrat avec le Roi de l'esprit du Vent. Un exploit qu'il est le seul à avoir realisé ! Revenu vivre au Japon, on fait desormais appel a lui pour résoudre certaines affaires. C'est alors qu'il rencontre sa cousine Ayano et son frère Ren qui maitrisent tous les deux le feu...