Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…

Yûgi est un jeune lycéen timide, secret et foncièrement gentil. Trop gentil diront certains, mais certainement pas Joey, Tristan et Téa, ses meilleurs amis. Avec eux, il partage la passion d’un jeu de cartes, le « Duel de Monstres », créé par le mystérieux Pegasus. Une passion qui va les entraîner dans une étrange et fascinante aventure, une quête grâce à laquelle ils découvriront la force de l’union et la puissance de la stratégie. 

Krank, un étrange personnage, vit entouré de clones et d'autres personnages encore plus étranges sur une plate-forme en mer perdue dans le brouillard. Pour ne pas vieillir trop vite, Krank doit voler les rêves des enfants. C'est pour cela qu'il les enlève de la cité portuaire.

Maintenant que ses parents sont séparés, Kevin doit passer ses vacances avec son père chez la petite amie de celui-ci qui vit dans un véritable palace bourré d'une tonne de gadgets derniers cris. Mais il est loin de se douter qu'il devra mener une véritable guerre éclair pour déjouer le plan de dangereux malfaiteurs.