Une série de révélations. Le passé de Shiki se dévoile peu à peu. Suite à une tentative de suicide, elle est hospitalisée. Pendant des mois, elle reste plongée dans un coma profond. Dans son combat contre la mort, Shiki lutte pour sauver ses deux personnalités. A son réveil, elle est plus seule que jamais car désormais elle possède un terrible don qui lui permets de voir ...La Mort.

Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle. A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville. Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

L'Académie des magiciens s'articule autour de Takuto Hasegawa, qui fréquente une académie de magie qui n'est indiquée sur aucune carte. Au cours d'un examen de sorts d'invocation, il crée accidentellement une fille nommée Tanarot, qui détient assez de pouvoir magique pour détruire son pays, mais heureusement, Tanarot professe une loyauté indéfectible envers son "créateur".

 Une rumeur à propos de fées volant les souvenirs secoue l’école où la soeur de Kokutô étudie. Shiki est envoyée sur place pour enquêter au grand désespoir de Azaka, jalouse du lien d’amitié entre Shiki et Kokutô. Mais la piste va les mener à un meurtre commis il y a fort longtemps dans la même école, à l’époque où Aozaki était élève…