L'histoire de Versailles no Bara se passe à la fin du xviiie siècle en France. Oscar est une jeune femme élevée en garçon par un père excédé de n'avoir que des filles. L'éducation militaire d'Oscar lui permet de devenir le capitaine de la garde royale, chargée de la protection de la jeune dauphine Marie-Antoinette. Aux côtés d'Oscar, il y a André, son ami d'enfance, secrètement amoureux d'elle. Ensemble, ils devront affronter les premiers troubles annonçant la Révolution française.

Les aventures d'un petit garçon qui voyage de planète en planète à bord d'un train, le Galaxy Express 999, dans le but de venger la mort de sa mère.

Suite à sa victoire face à la reine Promethium, Tetsurô décide finalement de rentrer sur Terre. Cependant, la ville qu’il chérissait tant, Metropolis, a été détruite par les sbires de Promethium qui d’après les rumeurs serait en fait toujours vivante. N’écoutant que son courage, Tetsurô rejoint une armée de résistants. Or, quelques temps plus tard, il reçoit un message de son amie Maetel qu’il pensait ne plus revoir, le conviant à la rejoindre dans le Galaxy Express 999.