Turn A Gundam prend place dans pendant l'année 2345 du Correct Century. Après des siècles d'isolement, les habitants de la Lune (appelés Moonrace ou Sélénites en français) en manque de ressource décident de revenir s'installer sur Terre. Mais ce retour est perçu comme une invasion par les terriens qui s'organisent alors en milice armées. Lors d'une bataille, Loran Cehack jeune éclaireur sélénite arrivé sur terre 2 ans auparavant et maintenant bien intégré, découvre un mystérieux Mobile Suit : le ∀ Gundam.

L'histoire se déroule en l'an 2345 du Correct Century. Longtemps après une sorte d'apocalypse qui a ramené l'humanité à un niveau technologique équivalant à celui de notre propre XXe siècle. Loran un espion du peuple de la Lune, vit sur Terre. Un jour, les vaisseaux des Moonraces, habitants de la Lune, arrivent en masse, décidés à s'installer sur Terre. Las, les autorités terriennes croyant à une forme d'invasion, une bataille s'engage entre les deux parties ; ces événements provoquent le réveil d'une machine oubliée de la sombre histoire, le Turn A Gundam. C'est Loran qui en prend le contrôle, décidé à sauver ceux qu'il aime. L'échauffourée dégénère en une guerre totale, durant laquelle chaque protagoniste cherche à en tirer profit et où les appels au pacifisme sont souvent désespérés.