À l'intérieur de ces murs, ces enfants vivent dans l'insouciance absolue. Car s'ils devaient sortir, ils entreraient en Enfer. Pourtant, l'un d'eux semble avoir eu une vision : deux humains viendraient les chercher depuis l'extérieur, l'un d'entre eux leur ressemblant étrangement... Pendant ce temps, Maru et sa garde-du-corps tentent de survivre dans un monde désolé peuplé de pillards et de monstres difformes. Leur objectif : atteindre "le paradis".

On suit Shinichi, écolier de l'an 2710, visitant à Nara une reconstitution d'une école du XXIe siècle. Il se fait voler son déjeuner par un cerf, et, en partant à sa poursuite, se retrouve mêlé à la fuite d'une étrange jeune fille, elle-même poursuivie par des poursuivants des plus étranges. Ensemble, il feront l'expérience d'un voyage entre passé et futur.

Kino no Tabi raconte l'histoire du voyage d'une jeune fille s'appelant Kino et de sa moto parlante se nommant Hermes. Durant ce voyage, les deux héros découvriront que le monde qui les entoure n'est pas si bien qu'il n'y parait, mais que paradoxalement ces défauts le rendent beau...

L'histoire tourne autour de Shôtarô Tatewaki et de Sakurako Kujô. Shôtarô est un lycéen normal au comportement sérieux. Sakurako est une très belle femme venant d'une famille riche. Cette dernière est spécialisée dans l'analyse du squelette humain. Ces deux personnes entretiennent une relation assez spéciale que Tatewaki ne sait décrire. Cette histoire suit ces deux personnes au travers d'enquêtes.