L'histoire prend place dans le Kamiatsura, un pays resté près des traditions orientales (les vêtements, les coutumes, les maisons). Là-bas posséder pouvoirs et magie est chose commune. Le héros, Kamiazuma Touka est au début de l'histoire à la recherche de Momoko, son ancien amour. Il entretient des relations plutôt ambiguës avec sa mère et a une double personnalité (il devient parfois une fille). Touka possède un pouvoir caché en lui, la Sekiken. Au fil de l'histoire, Touka va revoir défiler des images du passé, proche et lointain, pour comprendre la source des évènements il y a 2000 ans.

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer. Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer. Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…

Quatre démons adultes (Enma, Yukihime, Kapaeru, et grand-père Chapeauji) forment le groupe connu sous le nom Detective Agency Enma. Ils vont après les démons et les monstres qui se sont échappés de l'enfer dans le monde humain.

Valérie, jeune orpheline de 13 ans vivant seule avec sa grand-mère, vit dans un rêve désorientant où elle est séduite par des prêtres, des vampires, des hommes et des femmes confondus.

Miyazawa Yukino est une jeune fille modèle depuis la petite école : "Reine de la Vanité" qui ne peut se passer des compliments d'autrui, elle fait tout pour réussir ce qu'elle entreprend et être le parfait exemple à suivre pour ses camarades de classe. C'est seulement chez elle que Miyazawa révèle sa véritable personnalité, profondément égoïste et manipulatrice... À la rentrée au lycée, elle rencontre un obstacle majeur en la personne de Arima Souichiro : lui aussi est un élève modèle mais sa nature exemplaire est bien sincère de sorte que, très vite, il devient la coqueluche de l'établissement. Folle de jalousie, Miyazawa fait tout pour le dépasser et s'approprier ce qu'elle estime lui être dû. Mais un jour, Arima découvre par accident la véritable personnalité de Miyazawa : rapidement, les ennemis deviennent amis, et un jour, l'amour...

Yuto et Kaori vivent seuls à la mort de leurs parents. Yuto se fait traiter de démon par Akizuki ce qui provoque une bagarre. Mais au même moment Yuto entend une voix dans sa tête. D'un coup ils disparaissent dans un rayon lumineux.Yuto apparait dans une petite maison où des personnes lui apprennent qu'il est dans un autre monde.Aussitôt la nouvelle apprise, il est ramené de force au château de ce nouveau monde par la garde royale.Une fois devant le roi, il voit sa sœur encadrée par des gardes. Le roi dit à Yuto que si il arrive a manier l'épée "désir" et qu'il sert le royaume, il la délivrera.L'épée aurait-elle un rapport avec leurs venues dans ce monde ?

L’histoire se passe dans une base militaire où Nanako est l’assistante d’un savant fou. Elle s’occupe aussi de la maison au grand dam de ses occupants. Il s’avère qu’elle est aussi le cobaye préféré du professeur et elle se retrouve toujours dans des situations toutes plus tordues les unes que les autres mais toujours autant dévêtue. Mais une mystérieuse organisation reliée à l’armée prête une attention toute particulière à Nanako. N’est-elle donc pas ce que l’on veut nous faire croire ?

Suivez les aventures de Train Heartnet, alias le Black Cat, ex-membre des Chronos Numbers, bras armé Numéro XIII de Chronos, organisation contrôlant le tiers de l'économie mondiale.

Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !