Manta est un collégien très ordinaire. Un jour, traversant un cimetière pour gagner du temps, il rencontre Yoh, un shaman. Yoh peut voir les fantômes, et fusionner avec eux pour utiliser leurs compétences. Son rêve est de devenir Shaman King, le shaman possédant le fantôme ultime, le Great Spirit, la connaissance universelle. Mais la route est semée d'embûches, et de nombreux autres shamans ont le même objectif : gagner le Shaman Fight !

L'histoire se déroule dans un monde où certaines personnes ont le pouvoir de transformer des objets en d'autres objets : on les appelle les alchimistes. Cette transformation doit obéir à une certaine règle : l'objet transformé et l'objet issu de la transformation doivent être d'une masse équivalente. Edward Elric est, malgré son jeune âge, un fameux alchimiste qui a perdu son petit frère, Alphonse, lors d'une expérience de transmutation interdite. Il a cependant réussi à sceller l'âme de celui‑ci dans une grande armure en fer. L'aventure des deux frères commence quand ils décident de partir à la recherche d'un objet aux mystérieux pouvoirs, capable de les aider à retrouver leurs corps initiaux : la très convoitée pierre philosophale.

Depuis de nombreuses années, une guerre civile frappe l'Uddiyana, un petit pays du moyen-orient. Alors que les forces armées internationales sont incapables de rétablir la paix, une photo représentant des civils soulevant le drapeau des Nations Unies va apaiser les tensions. Après le vol de ce symbole de paix, une force spéciale de l'O.N.U est chargée de le retrouver. Accompagnée par la journaliste auteur du cliché, une course contre la montre s'engage pour rapporter le dernier espoir de paix dans un pays ravagé par les clivages ethniques et religieux.