Alors que les pouvoirs de Nya sont perturbés, les Ninjas décident de partir à la recherche de réponses et se retrouvent au fond de la Mer sans fin où ils y découvrent que ses pouvoirs sont en réalité liés à une ancienne créature mythique du nom de Wojira, le Serpent Apocalyptique qui a été vaincu il y a de cela bien longtemps par un Merlopian, habitant d'une ancienne race aquatique bien avant la création de Ninjago par le Premier Maître du Spinjitzu. Nya rencontre aussi le nouveau méchant de la saison : le Prince Kalmaar.

En mission d'exploration, Misako, Wu et Clutch Powers disparaissent sur une île... Les Ninjas, avant d'aller à leur recherche, font appel à Tim le Toqué, la seule personne revenue de cette mystérieuse île. Le portrait qu'il dessine d'elle est très inquiétant : des orages, des monstres, des malédictions !

Quelque temps après le Premier Empire, au Monastère, les Ninjas reçoivent une invitation de la part du Roi Vangelis, au Royaume de Shintaro : une cité construite sur une montagne, extrêmement riche et prestigieuse. Les Ninjas et Wu embarquent aussitôt sur le Bounty. Les Ninjas arrivés à la Cité d'Ivoire, en pleine nuit, Cole surprend une créature dans sa chambre. Elle porte le collier de sa mère, Lilly. Le Ninja de la Terre décide de s'aventurer dans les mines condamnées de la ville avec la princesse Vania, la fille de Vangelis. Sous la ville, des créatures sont réduites en esclavage par un mystérieux personnage, le Sorcier au Crâne, et surveillées par une armée de squelettes, dans le but d'extraire de la pierre venge. Les Ninjas vont devoir mettre un terme au règne du Sorcier au Crâne tandis que Cole, avec Wu et Vania, va tenter d'en apprendre plus sur le "Spinjitzu Burst", un art ancestral, et à propos de sa mère, Lilly, ancienne Maîtresse de la Terre...

Après leurs retour du Royaume de Non-Retour, les Ninjas poursuivent le Mécanicien à la recherche d'une carte-mère. Après l'avoir arrêter, ils se rendent à son repaire. Jay, seul, trouve une bonne d'arcade, insère la carte-mère et lance un jeu, et, au même moment, toutes les bornes d'arcades de Ninjago se mettent à afficher ce même jeu : Premier Empire.

Zane a d'étranges visions mettant en scène une sorcière serpentine l'attaquant avec une arme étrange. Puis quelques plans surviennent où une armée de serpents de feu marchent en rang dans Ninjago City. D'un coup, un décor plus glacial prend place, où surplombe un grand château enneigé dans lequel trône un mystérieux empereur qui, dans sa main, tient une arme similaire à celle de la sorcière serpentine. Les visions se finissent sur un dragon congelant tout un village.

Lloyd va à la prison de Kryptarium, quelques jours après la bataille finale, et rend visite à Garmadon. Le Seigneur des Ténèbres lui dit que ses pouvoirs disparus, le dernier rempart les séparant des Onis est détruit. Le Mal est en route. Tandis qu'au monastère, Jay se prépare à demander à Nya si elle veut devenir son yang, une tradition officielle...

Après ce que Lloyd croit être la mort des ninjas et de Wu, la terreur règne sur Ninjago. Garmadon, désormais de retour, en devient l'Empereur. Harumi qui est le Silencieux, s'en réjouit. Quant à Lloyd, n'ayant plus ses pouvoirs et dévasté par la mort de ses amis, n'est plus très optimiste. Toute la ville est sous le contrôle de Garmadon et de son colosse. Les derniers résistants sont obligés de se cacher...

Un an après la disparition de Wu, les ninjas le cherche toujours tandis qu'une organisation criminelle commence à prendre de l'ampleur : un gang de motards se faisant appeler les Fils de Garmadon. Ils sont à la recherche des 3 Masques Onis. Le premier, le Masque de la Tromperie, est volé. Le deuxième, celui de la Vengeance, se trouve au Palais Royal. Les Ninjas, toujours en recherche de Wu, sont invités à protéger la famille royale...

Quelques mois après le Jour des Âmes Disparues, alors que les Ninjas rangent le musée, Maître Wu est au monastère, sa montre à la main. 18 h sonne, un homme surgit. Ce dernier n'est pas inconnu de Wu. Il s'agit d'Acronix, un Maître du Temps, qui, il y a 40 ans, s'est fait battre avec son frère par Wu et Garmadon. Mais aujourd'hui son frère Krux n'est plus là, tout comme Garmadon. C'est donc un combat un contre un qui s'ensuit. Wu a l'avantage mais la Lame d’accélération du temps apparaît et Acronix s'en empare. Il frappe Wu avec le Coup de Poing du Temps puis le projette, mais Sensei s'accroche de justesse à une branche...

La Très-Puissante a été détruite, des semaines sont passées, et les Ninjas s'opposent à un nouveau problème, certes moins dangereux : la célébrité. Ils doivent fuir leurs fans. De son côté, Jay pense toujours au reflet de l'avenir qu'il avait vu dans la Tombe : lui avec Nya. La Maîtresse de l'Eau lui fait comprendre que rien ne se passera entre eux. Pourtant, ce n'est pas ça qui arrêtera Jay...

Quelques jours après le bannissement de Garmadon, Morro, un fantôme s'étant échappé du Royaume Maudit, sévit dans un musée. Dès le lendemain, Lloyd arrive sur les lieux. Il pose des questions au gardien sans savoir qu'en réalité il fait face au fantôme. Morro finit par surgir et prendre possession de Lloyd. Le Ninja Vert touché, Kai, Cole, Jay et Zane perdent leurs pouvoirs...

Deux ans sont passés depuis la mort de Zane, et l'équipe est divisée : Jay anime une émission, Cole est un bûcheron, Kai un catcheur, mais Lloyd, lui, est resté un Ninja. Sur les conseils de Wu, Lloyd décide de regrouper l'équipe mais la réunion tourne court quand les Ninjas tombent sur un message : Zane est vivant !

Durant des mois après l'Ultime Combat, Cyrus Borg, un génie de l'high-tech, dirige la reconstruction de Ninjago City. Toute la ville est régie depuis la Tour Borg, une immense tour construite à l'endroit où Overlord a été vaincu. Les Ninjas, eux, sont devenus professeurs et enseignent à la Sensei Wu Academy. Quant à Garmadon, il est désormais Sensei et a prêter le serment de ne plus jamais se battre...

Le Grand Dévoreur vaincu et les Armes d'Or en possession de Lord Garmadon, les Ninjas doivent désormais se consacrer essentiellement à l'entraînement de Lloyd. Selon la prophétie, le Ninja Vert est destiné à vaincre le Lord Maléfique. Garmadon, après s'être allié aux Serpents, se dirige vers les Sommets d'Or. Ici, les quatre Armes d'Or fusionnent pour former l'Arme Suprême...

Twilight Sparkle se rend à l'empire de Crystal accompagnée de ses amis pour son premier sommet royal en tant que princesse. Mais pendant la nuit, elle se fait voler sa couronne par Sunset Shimmer, l'ancienne apprentie de Celestia. Lorsque Twilight tente de récupérer sa couronne, celle-ci est projetée à travers un miroir magique menant à une dimension alternative, suivie par Sunset Shimmer. Si la couronne n'est plus à Equestria, les éléments d'harmonie n'ont plus de pouvoir et le royaume se retrouve privé de son plus grand moyen de défense. Twilight est donc chargée d'aller récupérer sa couronne en compagnie de Spike dans l'autre dimension qui n'est autre que celle des humains. Elle n'a que 2 jours pour la retrouver avant que le portail dimensionnel ne se ferme et qu'elle reste coincée dans le monde des humains pendant 30 lunes.