L'histoire suit Reika Satō, Jun Toda, Sakura Fujima, Akane Maruyama, Miyako Kōno, Nicole Saitō, Miu Takigawa et Ayaka Tachikawa qui sont des idols.

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La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision