La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.

Char tente de prendre possession de l'astéroïde Luna 5 durant la bataille de Gryps. Mission réussie, il parvient à le faire lancer sur Lhassa, au Tibet, là où se trouvait le nouveau QG de la Fédération. Adenauer Paraya, un politicien envoyé par la Fédération, a pour mission de négocier secrètement avec Char Aznable afin qu'il n'y ait plus de conflit. La négociation tourne à l'avantage de Char qui rachète l'astéroïde Axis à l'aide d'une très forte somme en or. Son plan, projeter Axis sur Terre pour anéantir toute vie dessus et accélérer l'évolution de l'humanité en NewTypes. Bright Noah, Amuro Ray, et tous les membres de Londo Bell devront alors tout faire pour empêcher cette catastrophe.

Universal Century 0088, la bataille de Gryps entre l'AEUG et les Titans est terminée. L'AEUG a subit de lourdes pertes : le pilote de l'Hyakushiki Quattro Bagina, alias Char Aznable est porté disparu, Camille Bidan, pilote du Zeta Gundam, est devenue inapte. L'Argama décide de ce rendre vers la colonie la plus proche afin de se ravitailler, effectuer quelques opérations, et accompagner les blessés à l'hôpital, c'est le cas de Shangri-La de Side 1. Toutefois, sur Axis, Haman Kahn profite de l'affaiblissement de la Fédération pour lancer son mouvement de résurrection de Zeon : Neo Zeon. C'est dans cette période de vulnérabilité que Judo Ashita, jeune orphelin écervelé natif de la colonie de Shangri-La, et sa bande décident, influencés par Yazan Gable, de voler le Zeta Gundam afin de le revendre.

UC0087 : sept ans ont passé depuis la fin de la Guerre d'Un An. Rendu paranoïaque par les exactions des survivants des Forces de Zéon (voir Gundam 0083), le Gouvernement Fédéral a autorisé la création d'un corps d'armée spécial, les Titans, dont le rôle est de pourchasser ceux-ci, mais qui se comportent en véritables SS. C'est dans des conditions dramatiques que le jeune Camille Bidan va s'engager aux côtés de l'AEUG, groupe paramilitaire soutenu par des trust politico-économiques, pour lutter contre les Titans. Or, ce que tout le monde ignore encore, c'est que le conflit qui se dessine derrière ce qui fut tout d'abord une guerre froide, cache des enjeux bien plus complexes que quiconque peut l'imaginer. Alors qu'Amuro Rei, Bright Noah et les vétérans de la Guerre d'Un An doivent reprendre les armes, une nouvelle génération de jeunes gens va se consumer dans le brasier.

La World Welfare Works Association aide les systèmes membres de la fédération United Galactica à résoudre divers problèmes à l'échelle planétaire dans un but lucratif, en envoyant des agents appelés Trouble Consultant. Une équipe de consultants spécialisés dans les problèmes de ladite section, nommés Kei et Yuri, qui ont la réputation de laisser des traces de destruction derrière eux, est publiquement connue sous le nom de "Dirty Pair".

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