Matin du 7 décembre 1941. La base navale américaine de Pearl Habor, dans le Pacifique, s'éveille à peine. Les chasseurs de l'armée japonaise sont eux déjà en route pour ce qui restera dans l'Histoire comme l'une des attaques les plus meurtrières jamais commises contre les États-Unis.

Au XIIe siècle, alors que les guerres civiles font rage, le samouraï Moritō est chargé par l'empereur de traverser le territoire afin de distraire l'attention des rebelles. Il doit par la même occasion escorter la jolie servante Kesa. Sa mission accomplie, Moritō demande une récompense impossible: la main d'une femme mariée…

Des catastrophes inexplicables s'abattent sur la Terre, plongeant les humains dans le chaos. Mais des événements se produisent aussi dans l'espace, notamment sur la station spaciale japonaise qui est détruite suite à une attaque par des extra-terrestres ! Les astronautes envoient deux navettes sur la Lune, d'où semble venir les attaques... Ils découvrent alors une base alien au coeur d'un volcan éteint et un combat débute entre les deux espèces, alors qu'au même moment des soucoupes volantes partent en direction de la Terre.

Dans le Japon médiéval, le samouraï Tadamori gagne l'estime de la cour impériale en l'aidant à lutter contre les grands temples de Kyoto. Son fils Kiyomori, qui parvient à déjouer un complot dont il est l'objet, va se révolter contre la cour, qui méprise les hommes de guerre.