En l'an 5001, la planète Jillucia autrefois paisible, est aujourd'hui sous la coupe tyrannique des Gavanas. Un groupe d'élus va l'en délivrer.

Deux enfants, Spielvan et Diana, sont les seuls survivants de la planète Crin, détruite par l'empire Warler. Après un long voyage à bord de leur vaisseau spatial Granazca, devenus adultes, ils atteignent enfin la planète Terre où ils devaient trouver refuge. Mais les Warler font à nouveau leur apparition, bien décidés à faire subir à la Terre le même sort que Crin. Spielvan et Diana décident de s'opposer aux Warler, et de venger leurs parents et la destruction de leur planète natale. Ils disposent pour cela de la technologie de Granazca, leur permettant de revêtir des armures de combat en une fraction de seconde.

Depuis toujours, deux clans de ninjas s'affrontent : le clan Tokagure regroupe les « bons » ninjas. Le clan Dokusai regroupe les « mauvais » ninjas. C'est au cœur de cette lutte qu'un jeune homme nommé « Toha Yamashy » se créera une réputation de guerrier, sous le nom de « Giraya ».

Zatoichi est hébergé par un parrain qui lui demande, comme service rendu aux yakuzas, de servir de témoin à l'exécution d'un mauvais payeur. Mais les hommes chargés de la besogne s'avèrent incapables de s'en acquitter, et c'est finalement Zatoichi qui effectue le contrat. Il découvre alors que la victime avait une sœur et que c'est en vérité elle qui intéresse le chef du clan, puisqu'il l'a promise à un riche marchand en échange d'un poste de fonctionnaire. La jeune femme veut d'abord assassiner Zato avant de se rendre compte qu'elle est en fait tombée amoureuse de lui. Désormais, le masseur aveugle doit la protéger contre un gang de yakuzas au grand complet, tout en se préparant à combattre un étrange samouraï désireux de se mesurer à lui...

Il y a 3000 ans, la planète Denzi fut dévastée par le clan Vader. Mais l'île Denziland fut envoyée sur Terre avec à son bord, un chien-robot nommé IC. Un jour l'ordinateur de Denziland détecta la présence du clan Vader sur Terre, et réveilla IC. Le chien-robot partit alors en quête de cinq personnes, afin de former une équipe chargée de lutter contre le clan Vader...