Après avoir épuisé sans relâche les ressources de la planète, les hommes ont finalement réussi à rendre la Terre inhabitable, provoquant l'extinction d'une grand partie de l'Humanité. Des années plus tard, les survivants ont créé une société en apparence utopique, mais régie par des règles strictes. Toute personne menaçant l'équilibre de ce nouveau monde est aussitôt éliminée. Jomy Marcus Shin, 14 ans, va un jour s'interroger sur son monde et la façon dont il fonctionne. Il deviendra alors une cible pour le gouvernement, mais aussi pour une organisation anti-gouvernementale qui tente de le protéger.

L'histoire de Versailles no Bara se passe à la fin du xviiie siècle en France. Oscar est une jeune femme élevée en garçon par un père excédé de n'avoir que des filles. L'éducation militaire d'Oscar lui permet de devenir le capitaine de la garde royale, chargée de la protection de la jeune dauphine Marie-Antoinette. Aux côtés d'Oscar, il y a André, son ami d'enfance, secrètement amoureux d'elle. Ensemble, ils devront affronter les premiers troubles annonçant la Révolution française.

Yoshie, assistante et sœur de la geisha Kikuyakko, a une puissance inhabituelle. Hikaru, le jeune chef de l'Armée Tengun (nom d'une divinité japonaise à Long nez) reconnaît cette habilité, et décide donc de la recruter. Yoshie et Kikuyakko croient qu'Hikaru et l'Armée Tengun essaient de renverser le gouvernement corrompu. Elles acceptent d'entreprendre des opérations visant à implanter des katanas (sabre japonais) et des missiles dans leur corps, pour en faire des cyborgs. Mais elles découvrent bientôt que l'Armée Tengun est en fait un groupe de meurtriers de masse qui utilise des jeunes filles kidnappées comme soldats. Leur lutte pour détruire l'Armee Tengun commence alors…

La mère de Naoto a été enlevée. Pour la sauver, il doit participer à un marathon mortel organisé par les kidnappeurs. Il n'est pas le seul à courir...

Marina, la plus jeune des filles du roi des Mers, est une sirène qui caresse le rêve d'aller à la surface de l'océan. Mais ses sœurs et sa grand-mère le lui interdisent car elle est encore trop jeune. Un soir pourtant, elle s'enfuit du château avec son ami Fritz, un dauphin, et tous deux croisent la route d'un navire où se déroule une fête en l'honneur de l'anniversaire d'un prince. Celui-ci ressemble comme deux gouttes d'eau à une statue que Marina a trouvé dans l'épave d'un bateau. Dans le même temps, la cruelle sorcière des mers lève une tempête pour faire couler le navire. Malgré le danger, Marina part secourir le prince et le ramène sur le rivage, mais elle s'enfuit avant son réveil...

Tokyo, 2020. Shiori Genpo est une descendante de la famille Phantomhive et de Ciel qui avait passé un contrat avec le majordome démoniaque Sebastian Michaelis. Afin de remplir au mieux son rôle d’héritière, la jeune fille se fait passer pour un garçon et emprunte le nom de Kiyoharu. Dans cette époque, le monde est divisé entre l’Est et l’Ouest et Shiori travaille pour la Reine Occidentale. Elle reçoit pour mission d’enquêter sur une série d’enlèvements et de meurtres mystérieux. Des dizaines de politiciens occidentaux sont retrouvés momifiés avec une carte du Diable en signature. Pour l’épauler dans cette affaire, Shioriressent le besoin de faire appel à Sebastian et passe alors un contrat avec lui.