L'histoire se déroule quelque part dans les années 2020, onze ans après l'introduction des visières et lunettes de Réalité Augmentée (RA). Yūko Okonogi déménage avec sa famille à la ville de Daikoku, le centre technologique du monde mi-virtuel mi-réel. Elle rejoint l'« agence d'enquête » de sa grand-mère, formé d'enfants équipés d'outils virtuels et metatags puissants. Elle croise peu après Yūko Amasawa, une hacker experte de l'environnement virtuel qui cherche les pouvoirs d'une entité virtuelle mystérieuse appelée Michiko. Les protagonistes sont menés à démêler les mystères du monde virtuel dans l'ombre d'un hacker très puissant étant passé avant eux.

Dans un futur post-apocalyptique, une créature difforme s’éveille d’un long sommeil et s’échappe du laboratoire secret de Romdo, une cité-dôme sombre qui abrite humains et AutoReivs (des robots) dans une harmonie apparemment parfaite. Un « paradis » isolé où les résidents sont invités à consommer et à jeter sans modération et où le crime n’existe pas, grâce au contrôle presque absolu des autorités. Étant la petite fille du régent de Romdo, Re-l Mayer n’en semble pas moins hostile à ce système. En tant qu’inspectrice des Renseignements, elle est chargée d’enquêter sur un mystérieux meurtre, perpétré par un AutoReiv infecté par le virus cogito. Elle est également l’agent de probation de Vincent Law, un jeune immigrant engagé au traitement des AutoReivs infectés. Entraînée dans une spirale d’évènements hors du commun, elle va tout faire pour tenter de découvrir la vérité…

Au 20e siècle, une guerre totale éclata entre les humains et les monstres. Depuis ce temps, les monstres gouvernent le monde dans l'ombre. Un garçon nommé Bocca se penche sur le passé et se demande ce qu'il est advenu des guerriers Meros qui ont défendus le monde si courageusement contre les démons est qui sont oubliés de tous un siècle plus tard...