Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

Paul Racine est un puissant homme d'affaires informaticien. Un soir, il séduit une belle mystérieuse japonaise, Kirina, à Nagoya au Japon. Quelques minutes après qu'il ait quitté sa chambre, trois ninjas s'introduisent chez la jeune femme. Leur chef, le légendaire Kinjo, dont seule une poignée de fidèles connaît l'identité, annonce à Kirina qu'elle doit mourir pour avoir trahi son protecteur. Racine assiste impuissant à l'exécution et entrevoit le visage de Kinjo. Il devient la cible des assassins et pour survivre, il doit s'associer à l'illustre professeur d'arts martiaux Takeda et sa femme Mieko qui lui offrent de se réfugier sur leur île. Racine découvre alors un autre monde, régi par les codes traditionnels des samouraïs et leurs conception médiévales du courage et de l'honneur. Il découvre aussi que Takeda s'est servi de lui pour débusquer Kinjo, son rival de toujours…

Trois fous, une fille et deux garçons s'évadent de leur asile et parcourent le monde sur les murs.

Une jeune femme secoué par la mort de son fiancé décide de lui écrire une lettre à son ancienne adresse. Quelle n'est pas sa surprise quand elle reçoit une lettre de Fujii Itsuku, une femme portant le même nom que son fiancé défunt. Les deux jeunes femmes vont alors débuter une correspondance où elles racontent chacune leurs souvenirs.