L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

Trois gouttes d’eau tombent du ciel et rebondissent sur l’épaule de Momo qui tient dans sa main une lettre inachevée écrite par son père, océanographe, disparu en mer. Cette lettre, qui commence par « Chère Momo », est restée blanche. Après ce décès, Ikuko, la mère de Momo, décide de quitter Tokyo avec sa fille et de rejoindre son île natale, l’île de Shio, située dans la mer intérieure de Seto. .