Dudley Puppy est un chien sans problème. Enthousiaste comme pas deux et un tantinet naïf, sa vie bascule lorsqu'il intègre contraint et forcé l'organisation T.U.F.F société secrète d'espionnage.

Le banquier Daryl Chase voit sa vie basculer lorsqu'il est poursuivi par le FBI pour blanchiment d'argent pour le compte d'un cartel mexicain. Il va s'allier malgré lui avec Freddy Tiffany pour échanger son identité et l'aider à prendre la fuite. Malheureusement, Tiffany est en fait un criminel encore plus recherché que lui...

Tex Richman est un homme d'affaire qui compte acheter le théâtre des Muppets. Gary, Marie et Walter la marionnette se mettent alors à la recherche des anciens du théâtre, séparés depuis plusieurs années, afin de tenter de sauver cet endroit qui leur est très cher. Ils arrivent à retrouver Kermit la grenouille qui part à son tour dans le but de réunir ses anciens compagnons de scène.