Nikita doit faire face à son ultime destinée de reprendre la Section Une. Pendant ce temps, Michael revient dans le tableau et kidnappe M. Jones, qu'il a l'intention de livrer au Collectif en échange de son fils. A présent, Nikita doit choisir : doit-elle sacrifier son destin ou le fils de Michael ? Sa décision déterminera son futur pour toujours... et le futur de tout le monde autour d'elle.

Nikita continue de montrer des preuves d'une "reprogrammation", notamment à travers l'ordre d'éliminer un agent capturé de la Section, la mise en danger d'enfants pendant une mission et la torture d'un prisonnier. Michael est décidé à retourner la reprogrammation de Nikita et il se rend bientôt compte que l'ancien agent de la Section qui a inventé le processus, Ross Gelman, pourrait être la clé. Pendant ce temps, Operations est extrêmement fier de cette "nouvelle" Nikita mais Madeline s'inquiète

Operations croit que Nikita est une menace pour la Section Une et veut la tuer pendant une mission. Elle survit au complot et quand elle revient, elle enquête sur la disparition de Michael et découvre quelque chose qu'elle n'imaginait pas.

Nikita se cache de la Section Une depuis qu'elle a survécu à la destruction de la cachette d'une Ligue de Libération. Alors qu'elle travaille comme serveuse, elle est capturée par la Ligue et utilisée comme appât pour piéger la Section Une. Lors d'un raid de l'unité mené par Michael, Nikita sauve la vie de celui-ci et ils parviennent à s'enfuir ensemble.

Accusée d'un crime à tort et condamnée à la prison à vie, Nikita est emmenée dans une organisation secrète de lutte contre le terrorisme où l'on fait d'elle un agent secret. Avec l'équipe de la Section Une, elle doit remplir des missions et lutter pour sa propre survie. La série est inspirée du film...

Jack Bauer vit désormais une vie tranquille dans le désert du Mojave. Mais quand David Palmer et Michelle Dessler sont assassinés et que Tony Almeida et Chloé O'Brian sont également visés, il comprend que quelqu'un sait qu'il est toujours en vie. Jack se rend donc à la CAT. Après avoir prouvé son innocence, il découvre la sinistre vérité : des terroristes tchétchènes s'apprêtent à lancer une attaque chimique sur Los Angeles. Et la Maison-Blanche est impliquée.

Alors qu'il vient de se remettre de sa grave contamination, Jack Bauer vit paisiblement à New York avec sa fille Kim et sa petite-fille Tery et a l'intention de rentrer à Los Angeles. C'est alors qu'il découvre malgré lui qu'un attentat se prépare contre le président du Kamistan Omar Hassan, venu à New York pour signer un important accord de paix avec la présidente Allison Taylor à l'ONU. Jack décide donc d'aider la CTU de New York à sauver le traité.

Quatre ans après avoir traqué les Russes à New York pour se venger de l'assassinat de Renee Walker, Jack Bauer et Chloe O'Brian sont fugitifs à Londres. Ils sont pourchassés par la CIA, notamment par l'agent Kate Morgan, alors qu'ils essaient à nouveau de contrecarrer une attaque terroriste impensable qui pourrait changer le monde pour toujours.

C'est le jour des primaires démocrates en Californie et le sénateur David Palmer, premier candidat noir à l'élection présidentielle, est favori. Cependant, Jack Bauer, chef de la CAT de Los Angeles (Cellule Anti-Terroriste), apprend que des terroristes s'apprêtent à assassiner le sénateur. Jack va devoir agir seul car il pense qu'une taupe s'est infiltrée dans la CAT. Mais il va rapidement découvrir que sa femme et sa fille sont également visées. Son passé va le rattraper...

18 mois après le drame, Jack Bauer ne s'est toujours pas remis de l'assassinat de sa femme. Cependant, la CAT a besoin de lui : des terroristes islamistes s'apprêtent à faire exploser une bombe atomique à Los Angeles. Jack reprend du service.

Jack Bauer vient de terminer une opération d'infiltration dans le puissant cartel de la drogue mexicain des Salazar qui a permis l'arrestation de son chef Ramon Salazar. Cependant, Jack apprend que le frère de Ramon, Hector, s'apprête à s'emparer d'un dangereux virus mortel. Il décide alors de monter une ambitieuse opération secrète afin de s'emparer du virus.

La saison 4 se déroule 18 mois après la saison 3. Jack Bauer est désormais conseiller du ministre de la Défense James Heller et entretient une relation amoureuse avec sa fille, Audrey Raines. Cependant, lorsque des terroristes islamistes enlèvent Heller et Audrey, il décide d'épauler la Cellule anti-terroriste. Il va alors rapidement comprendre que Heller n'est pas la seule cible des terroristes.

Après 20 mois passés dans une prison chinoise, Jack Bauer est de retour à Los Angeles. Abu Fayed, un terroriste islamiste repenti, a accepté de trahir son chef Hamri Al-Assad, responsable d'une vague d'attentats sur le sol américain, en échange de Jack Bauer. Mais quand Jack apprend que Fayed est le véritable responsable des attaques, il s'échappe. Avec l'aide d'Assad et de la CAT, Jack va tenter d'empêcher Fayed et ses alliés nationalistes russes de lancer des attaques nucléaires sur les États-Unis. Mais Jack va également découvrir que sa famille est impliquée et qu'on lui cache quelque chose.

Alors qu'il doit répondre devant le Sénat des crimes commis par la CTU récemment dissoute, Jack Bauer est appelé à l'aide par le FBI. En effet, son ancien ami et collègue Tony Almeida, qu'il croyait mort depuis près de 6 ans, a pris la tête d'un groupe terroriste qui commet des vols de haute technologie à Washington. Jack est le seul qui peut l'arrêter.

Un jour, un homme surgit de nulle part dans la gare centrale de New York. L'air avenant, les yeux dissimulés derrière d'épaisses lunettes noires, cet inconnu prétend être originaire d'une planète lointaine : K-Pax. Sourire aux lèvres, il se laisse embarquer sans résistance par la police, qui le conduit à la clinique psychiatrique de Manhattan. Le docteur Mark Powell, directeur de l'établissement, est un habitué des cas de dédoublement de personnalité. Mais le patient Prot l'intrigue et il veut en savoir davantage sur cet homme aux affirmations loufoques. Ce dernier s'accroche obstinément à son délire et brosse à qui veut l'entendre un tableau idyllique de K-Pax, ses mœurs pacifiques et son haut niveau culturel. Au fur et à mesure de ses entretiens, le docteur Powell en vient à se demander s'il n'y aurait pas un fond de vérité dans ses histoires d'extraterrestres.