La jeune Kirra quitte l’Australie pour passer l’été en compagnie de son grand père en Afrique du Sud. Aussitôt arrivée, elle découvre un bébé épaulard échoué dans le lagon adjacent au parc d’attraction désuet de son grand-père. Elle nomme son nouvel ami “Willy” et entreprend une grande aventure afin d’aider l'orque à retrouver son groupe avant que l’avide rival de son grand-père ne parvienne à le capturer pour en faire un spectacle lucratif dans son nouveau parc thématique tape-à-l’oeil.

Il y a vingt-huit ans, des extraterrestres entrèrent en contact avec la Terre... Ces visiteurs d'au-delà des étoiles étaient des réfugiés et furent installés dans le District 9, en Afrique du Sud, pendant que les nations du monde se querellaient pour savoir quoi en faire... Depuis, la gestion de la situation a été transférée au MNU (Multi-National United), une société privée qui n'a pas grand-chose à faire du sort de ces créatures, mais qui fera d'énormes bénéfices si elle arrive à faire fonctionner leur extraordinaire armement. Jusqu'à présent, toutes les tentatives ont échoué: pour que les armes marchent, il faut de l'ADN extraterrestre. La tension entre extraterrestres et humains atteint son maximum lorsque le MNU commence à évacuer les non-humains du District 9 vers un nouveau camp.