Dans cette troisième saison épique, alors que de lourds secrets refont surface, que des amitiés se brisent, déchaînant des forces maléfiques sur Camelot, Merlin et Arthur livrent bataille contre les forces de la sorcellerie déchaînées par Morgane et sa demi-sœur Morgause.

Lors de cette ultime saison, Camelot est à son apogée. Entouré de la reine Guenièvre et des Chevaliers de la Table Ronde, le roi Arthur n'a jamais été aussi puissant. Mais les graines de la discorde et de la destruction ont été semées et les forces du mal déchaînées par Morgane se rassemblent.

Merlin adolescent est envoyé par sa mère à Camelot, afin de démarrer son apprentissage de jeune sorcier dans un royaume interdit de magie par le médecin de la cour Gaius. A son arrivée, il assiste à l'exécution d'un homme accusé de sorcellerie par le roi, Uther Pendragon.

Merlin, jeune adolescent, arrive au royaume de Camelot où il fait la connaissance du Prince Arthur. Ses pouvoirs magiques le prédestinent à protéger le futur roi pour lui permettre d'accomplir sa destinée... Mais nous sommes en un temps où l'utilisation de la magie est punie de mort...

Merlin continue de veiller sur le prince Arthur et de le protéger des dangers qui le menacent, mais au cours de l'attaque d'un sorcier sur Camelot, il se décide à aller demander de l'aide au Grand Dragon. Celui-ci accepte de l'aider à condition que le jeune sorcier le libère un jour.