À Tokyo, dans le quartier populaire de Shinjuku, pendant les fêtes de Noël. Alors que le froid a envahi la ville, Gin, un homme bourru, Miyuki, un adolescent fugueur et Hana, un travesti, vivent ensemble dans les rues de la ville. Un soir, à la recherche de nourriture, ils trouvent un bébé abandonné dans une poubelle. Dans ses langes, une clef dont les comparses ignorent à quoi elle peut bien servir. Bien décidés à protéger le nourrisson des rigueurs du froid, les trois clochards cherchent également à retrouver les parents du bambin le plus rapidement possible. La clef s'avère être leur seul indice. Commence pour eux un parcours semé d'embûches…

Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.