La série débute 189 ans avant l'époque de Game of Thrones et raconte les évènements qui ont provoqué une guerre civile appelée La Danse des Dragons (Dance of the Dragons), qui conduit à la perte des dragons et au début de la chute de la Maison Targaryen.

Dans un futur proche, les extraterrestes ont colonisé la Terre. Et pourtant, la plupart des humains ne savent pas à quoi ces aliens ressemblent, les personnes chargées de faire régner l'ordre étant des collaborateurs. A Los Angeles, les Bowman vivent comme beaucoup d'autres sous une menace constante. Lorsque le passé de Will, le père de la tribu, remonte à la surface, le gouverneur du secteur offre à cet ancien du FBI de mettre ses compétences à profit pour étouffer la progression de la résistance. Alléchés par la possibilité de retrouver leur fils cadet disparu depuis le jour de l'occupation, Will et son épouse Katie vont devoir prendre la plus difficile décision de leur existence. Choisiront-ils de collaborer... ou de résister ?

Los Angeles est toujours occupée par une intelligence extraterrestre. Afin de récupérer son fils, Will a aidé les Collaborateurs et sait désormais que sa femme, Katie, est une alliée de la Résistance. Alors que le couple Bowman se trouve dans des camps opposés, Will et Katie ont-ils mis en péril tout espoir de réunir leur famille ?

Six mois après avoir quitté Los Angeles, les Bowman et Snyder tentent de reconstruire leur vie dans la montagne. Mais lorsqu’ils sont retrouvés par un groupe de Grey Hats, ils sont contraints de fuir. Alors que Snyder est capturé et se révèle être en mission pour trouver la station rebelle, les Bowman parviennent à s'échapper. Une nouvelle fois, Will et Katie vont devoir prendre parti et rejoindre le combat. La vérité derrière la colonisation sera-t-elle révélée ?