De longues années après la fin du premier Gunbuster, les aliens réapparaissent. Au même moment, certains humains naissent avec des pouvoirs psychiques spéciaux: les Topless. Réunis dans une organisation dénommée la Fraternité, eux seuls peuvent contrôler un nouveau type de robots, les Gunbusters. Nono, une jeune fille sensible, rêve de devenir pilote spatiale.

Ce film est en fait la suite de la première partie du premier film qui reprend donc la deuxième saison de Tengen Toppa Gurren-Lagann et donc de la nouvelle vie de Simon et de ses compagnons.

Le film résume la première saison de l'anime Tengen Toppa Gurren-Lagann. C'est-à-dire, la vie sous la Terre de Kamina et Simon, le moment ou Simon découvre Lagann. L'arrivé d'un Ganmen ennemi provenant de la surface et l'arrivé en même temps de Yoko. Et surtout le moment ou grâce au Lagann, Kamina et Simon accompagné de Yoko vont découvrir la surface pour la première fois, ainsi donc de nouvelles aventures s'offriront à eux et se feront de nouveaux amies ainsi que de coriace ennemies qui par le passé les a forcés à se terrer sous Terre, ils sont appelés les Beastmen. Suivi du moment tragique qui chamboulera la vie de Simon mais on découvre aussi la venue d'un nouvel individu… d'une fille en l'occurrence.

Année 2015, Japon. Grâce à une reprise de l'économie et de la consommation, les rescapés du dernier cataclysme tentent de survivre dans la nouvelle ville forteresse de Tokyo-3. Mais ce monde en pleine renaissance subit régulièrement les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges. Pour contrer leurs effets destructeurs, le gouvernement fait appel à une organisation secrète, la NERV, et à ses êtres à la fois organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.

Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.