Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…

1942 : Les Nazis mettent au point l'Opération Bernhard, un plan visant à ruiner la Grande-Bretagne en inondant le pays de faux billets. Les alliés décident d'envoyer en Autriche cinq soldats chargés de capturer le major SS Bernhard Krüger, principal responsable du projet. Déguisés en soldats allemands, ils sont parachutés en territoire ennemi. Tous ne reviendront pas ...

Au milieu du 21ème siècle, le réchauffement climatique a fait de Tokyo une ville tropicale submergée par la végétation. Kuniko est une jeune fille, héritière d'une puissante lignée : le Metal-Age, qui vient tout juste de sortir de prison. Le monde ne s'est pas amélioré, le carbone dispersé par les humains rend la vie difficile, et les marchés pour contrer ce phénomène sont nombreux. A peine rentrée au village, Kuniko se retrouve face a l'armée, et soudain, son héritage symbolisant sa lignée se met à émettre une puissante onde sonore...

2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.

En 2010, dix missiles se sont abattus à travers tout le Japon sans faire la moindre victime. Trois mois après cette attaque, Misaki Mori une jeune étudiante en voyage scolaire aux Etats Unis pour la remise des diplôme se retrouve mêlée à une terrible affaire, elle est alors sauvée par un japonais amnésique du nom d'Akira Takizawa qui n'a sur lui qu'un téléphone et un fusil. De retour au Japon, un étrange message est envoyé sur le téléphone mobile de Takizawa tandis que le onzième missile est lancé contre Tokyo : 8,2 milliards de yens viennent de lui être versés...

Tokyo dans un futur proche. Un fléau tel que l'humanité n'en a jamais connu s'abat sur la ville : un virus baptisé "Démon" attaque le code génétique des êtres humains pour les métamorphoser en créatures dantesques, sanguinaires.

Après cinq siècles de domination, l'Empire romain, chaque jour plus affaibli, abandonne l'île de Bretagne pourtant menacée par l'invasion sanguinaire des Saxons. Avant d'être libérés de leurs obligations, Arthur et ses chevaliers se voient confier une dernière et dangereuse mission : ramener à l'abri une riche famille romaine qui vit au-delà du mur d'Hadrien.

La guerre contre le terrorisme a littéralement explosé, le jour où Sarajevo a été détruite par un dispositif nucléaire fait maison, les démocraties les plus importantes se sont transformées en états de surveillance totale et le monde en développement s'est noyé sous une vague de génocides. l'effondrement du système mondial, et il appartient à l'agent de renseignement Clavis Shepherd de suivre John Paul à travers l'épave des civilisations et de trouver le véritable cœur des ténèbres - un organe génocidaire.

Pendant l'Occupation, pour entretenir sa maîtresse dont le mari est prisonnier, Antoine Michaud se livre au marche noir. Mais un soir, dans un cabaret, il croise par hasard son père, homme parfaitement intègre, qui le croyait parti en province avec un copain de lycée. Pour éviter l'esclandre et rassurer le père, le propriétaire, qui fait également du marché noir, jette dans les bras de Michaud père la pulpeuse Olga.

Après avoir empêché que plusieurs missiles s'abattent sur le Japon, Akira Takizawa s'est volatilisé en laissant peu d'indices à Saki. Mais de leurs côté, les autres Seleçao continuent leur bataille pour changer le Japon à leur façon et selon leurs idéaux. Akira va donc être obligé de revenir dans le jeu, car même s'il a de nouveau effacé sa mémoire, les autres Seleçao ne sont pas prêt de l'oublier.

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe.

Sur Vénus, Cobra passe paisiblement le soir de noël au volant de sa voiture quand devant lui, un camion tentant d'échapper à une bande de pirates de l'espace a un accident. Dans ce camion se trouve Secret, le portrait craché de Dominique, la défunte petite amie de Cobra. Elle confie à ce dernier la clé de Shiba et lui demande de l’apporter sur la planète Garon. Mais en faisant exploser le vaisseau des pirates, Cobra est grièvement blessé par un débris et se fait transporter à l’hôpital. A son réveil, en suivant les directives pour retrouver la jeune femme, il est confronté à Black Bone, un pirate qui vise Secret et la clé de Shiba. Cobra a bien compris que les pirates veulent la mort de Secret, il décide de la protéger…