Vega, Grand Stratéguerre de la planète Stykadès, s'empare d'Euphor, une planète pacifique qu'il va ravager avec sa flotte de soucoupes et de robots géants. Durant l'attaque qui mènera à la destruction finale d'Euphor, la famille royale est exterminée. Actarus, fils du roi et prince, parvient à s'échapper après s'être emparé de Goldorak, le plus perfectionné des robots mis au point par les scientifiques de la planète, et s'enfuit vers la Terre. Il est recueilli par la professeur Procyon qui dirige le Centre de recherches spatiales. Poursuivant sa conquête de nouvelles planètes, Vega établit une base sur la face cachée de la Lune, à partir de laquelle il compte lancer l'offensive sur la planète bleue. Actarus se voit alors dans l'obligation d'utiliser Goldorak afin d'éviter que la Terre subisse le même sort que sa planète natale.

Deux armées interstellaires poursuivent une guerre commencée 150 ans plus tôt. Des deux côtés, les soldats de rang intermédiaire s'interrogent sur les décisions de leurs officiers supérieurs et s'inquiètent quant à l'avenir.

Au moment où se déroule l'histoire, 200 ans ont passés depuis que Butz et ses compagnons ont sauvé les deux mondes de la menace de ExDeath. Malheureusement, ceux-ci sont à nouveau menacés par une force qui cherche à prendre possession des quatre célèbres cristaux représentant les quatre éléments fondamentaux, sans qui la vie ne serait plus possible : l'eau, la terre, le feu et le vent… Linaly, une descendante de Butz, ainsi que son ami et protecteur Pritz partent alors pour le Temple du Vent où ils espèrent trouver la source de ce nouveau danger…