Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

Tuck, Munch et Alex sont les meilleurs amis du monde. Mais la construction d’une autoroute passant à travers leur quartier force leur famille à déménager et menace leur amitié. Quelques jours avant leur départ, le groupe découvre une série d’étranges messages cryptés sur leur smartphone. Convaincus que cela cache quelque chose, ils décident de se lancer ensemble dans une dernière aventure et vont faire une découverte au-delà de l’imaginaire : échoué sur Terre, un mystérieux petit extraterrestre se cache et est activement recherché par le Gouvernement.