Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Dans l'ouest américain, Client Keys, déserteur de l'armée américaine et condamné à mort au prétexte fallacieux de mutinerie, tente de rejoindre le Mexique à dos de dromadaire. Mark, un jeune garçon blanc élevé par des indiens, lui-même en fuite, croise sa route. Va naître entre ces deux individus malmenés par la vie, au détour de rencontres et autres périples, une profonde amitié empreinte de solidarité

Dans le but de coloniser la planète Mars, les scientifiques du XXIe siècle ont été chargés de trouver un moyen de réchauffer l'atmosphère de la planète pour que l'espèce humaine puisse y vivre. Pour cela, la surface a été recouverte de lichens et cafards afin d'absorber la lumière du soleil. Ainsi, en 2577, la terraformation arrive à son terme. Plusieurs astronautes sont alors envoyés sur Mars lors de la mission Bugs 1 afin d'éliminer les cafards restants. Cependant, il ne savent pas que ceux-ci ont bien changé en 500 ans et sont devenus des géants humanoïdes dotés d'une très grande force.

Nao Yoshino est une adolescente qui entre au lycée technique Asuko. Malheureusement pour Nao, Asuko n'a que des étudiants masculins. Nao n'a pas réussi à entrer dans l'école féminine qu'elle désirait. Dans un premier temps, en tant que seule élève, la solitude la gagne, mais bien vite des amitiés et de l'amour naissent pour Nao…