L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : Mettre la main sur Kyuubi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant il est enfin prêt pour arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !

L'histoire se déroule dans un monde où un nouveau continent nommé Magmell apparaît soudainement dans l'océan, et ainsi une nouvelle ère d'exploration commence. Les explorateurs s'aventurent sur l'île pour y trouver des formes de vie et des ressources jusqu'alors inconnues, mais ces derniers subissent des catastrophes les unes après les autres. On y suit le quotidien de mystérieux jeunes hommes nommés Anglers qui portent secours aux explorateurs en danger.