En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. 13 hommes se réunissent pour former un groupe de 13 assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille de 1 pour 1000, au nom de la justice et de la liberté…

Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Ce film relate un fait divers qui fit grand bruit au Japon durant l'année 1988. Quatre jeunes originaire de Tokyo, Hiroshi Miyano qui avait alors 18 ans, Yuzuru Ogura, 17 ans, Nobuharu Minato, 16 ans à l'époque et Yasushi Watanabe, 17 ans, enlevèrent Furuta, une jeune lycéenne, étudiante dans la préfecture de Saitama à Misato, et la séquestrèrent durant 44 jours. Sévices sexuels, violences corporelles et verbales et autres gestes macabres seront son lot quotidien...

Zatôichi retourne dans son village natal, avec sa femme pour y mener une vie paisible. Seulement voilà, Zatôichi sera bientôt forcé de reprendre le sabre…