Ken Kaneki étudie à l'université. Il est blessé par Rize, un ghoul qui mange des humains. Ken est sauvé parce qu'un cadre en acier tombe sur Rize. Ils sont tous deux envoyés à l'hôpital. Ken reçoit une transplantation d'organe de Rize et devient un demi-ghoul.

Atsumi, talentueuse dessinatrice de mangas, se retrouve plongée dans le coma après avoir tenté de mettre fin à ses jours. Son petit-ami Koichi ne comprend pas cet acte insensé, d'autant qu'ils s'aimaient passionnément. Afin de la ramener dans le réel, il rejoint un programme novateur permettant de pénétrer dans l'inconscient de sa compagne. Mais le système l'envoie-t-il vraiment là où il croit ?

L'histoire suit Mire Yoshizuki, 27 ans, employée de bureau de Tokyo qui vient de rentrer au Japon, Sora Nagase, 22 ans, étudiante de quatrième année, qui aspire à devenir enseignante, et Hiroshima, jeune garçon de 20 ans, à temps partiel. Okonomiyaki, ouvrière et pigiste Reika Kawatani. Ce qui rassemble ces trois femmes d'horizons complètement différents est un joyau magique. Une "nouvelle histoire magique" commence quand ils sont mystérieusement réunis par hasard et se lancent dans un voyage.

L’histoire nous entraîne dans la vie de Imamura Kinichirou, lycéen aux allures de racaille, qui a obtenu son diplôme mais qui regrette de ne pas s’être fait d’amis ni d’avoir rejoint le club qu’il voulait. Cependant, tout change suite à un accident qui le ramène 3 ans en arrière, lors de sa première année au Lycée. Ayant ses souvenirs intacts, il décide de corriger les erreurs de son passé et d’intégrer le club de Oendan (club d’encouragements) où il a enfin une chance de faire la connaissance de l’énergique, Usami.