En l'an 1600 au Japon, le seigneur Yoshii Toranaga lutte pour sa survie alors que ses ennemis du Conseil des régents se liguent contre lui, lorsqu'un mystérieux navire européen est retrouvé échoué dans un village de pêcheurs voisin.

En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. 13 hommes se réunissent pour former un groupe de 13 assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille de 1 pour 1000, au nom de la justice et de la liberté…

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Durant la dynastie Qin, pendant la période des états belligérants dans la Chine ancienne, Shin était un orphelin de guerre. Il rêve de devenir un grand général. Shin rencontre le jeune roi Eisei qui vise à unifier toute la Chine.