Léon est un tueur professionnel redoutable et insaisissable. Il vit seul à New York avec sa plante verte et ses habitudes jusqu'au jour où une petite Mathilda de douze ans sonne à sa porte et fait irruption dans sa vie.

Joe (Jerry O'Connell) serait l'unique locataire de l'immeuble new-yorkais et vétuste dans lequel il vient d'emménager, si l'endroit n'était déjà occupée par une colonie de cafards chantants et dansants avec laquelle il sympathise. Ensemble, ils vont tenter d'empêcher le sénateur Dougherty (Robert Vaughn) de raser leur habitat.