Dix ans après le premier film de la saga American Pie, trois nouveaux étudiants (puceaux) trouvent un livre intitulé la Bible du sexe dans la bibliothèque de leur lycée d'East Great Falls High. Malheureusement pour eux, le livre est abimé et certains conseils sont incomplets... Ils décident donc de chercher les créateurs de cet ouvrage rapporté d'Amsterdam par un ancien étudiant puis complété au fur et à mesure par les élèves. C'est là qu'ils tombent sur un certain Noah Levenstein.

Lors d'un tournage, l'équipe du film a le malheur de s'approcher près du nid d’un Piranhaconda. Demi-piranha, demi anaconda, la bête se rend compte qu'un de ses œufs lui a été dérobé. Entrant dans une rage, elle prend pour responsable l'équipe de tournage et décide de s'attaquer à eux. Pourtant c'est un scientifique non loin d'eux qui l'a volé. Afin d'apaiser le Piranhaconda et de pouvoir rentrer chez eux, le groupe se met à a recherche du mystérieux voleur d'œufs.