Kuroh et Neko sont toujours persuadés que Yashiro est toujours vivant. Tandis qu’ils tentent de découvrir ce qu’il est advenu de lui, Reisi Munakata, le Roi bleu du clan « Scepter 4 », tente toujours de faire le deuil de son ami Mikoto, et Anna, la nouvelle Reine rouge du clan « HOMRA », bat le rappel de ses anciens camarades dispersés. De leur côté, le Roi vert et les membres de son clan « Jungle » repassent à l’action…

Des factions s’affrontant à l’aide de pouvoirs psychiques ont consolidé leur emprise sur les hautes sphères du Japon. Au nombre de sept, ces clans sont chacun guidés par un leader charismatique et ultra puissant baptisé « Roi ». Longtemps déchiré par ces guerres claniques, le Japon connaît à présent une période de calme. C’est dans cette paix de façade qu’un membre de la HOMRA, le clan rouge, est sauvagement assassiné. La vidéo de sécurité prise sur les lieux du crime accuse Yashiro Isana, un étudiant lambda qui ne semble appartenir à aucun gang. Mikoto Suô, le redoutable Roi rouge, décide de lancer ses hommes à la poursuite du jeune étudiant. Mais Reishi Munakata, le Roi bleu à la tête du « Sceptre 4 », ne compte pas laisser la HOMRA se faire justice en toute impunité… Mais qui est donc Yashiro Isana, l’homme sur le point de faire voler la paix en éclats ?

Dans la Sardaigne profonde des années 1940, le petit Gavino ne peut aller à l'école que deux mois par an ; le reste de l'année, il doit aider son père à garder les animaux. Il grandit ainsi dans l'isolement, loin de la société humaine. C'est grâce au service militaire à l'âge de 21 ans qu'il peut échapper à l'emprise de son père. Il apprend à lire, ce qui est pour lui une révélation (il deviendra linguiste), et en sortant de l'armée, il rejette le rapport de quasi-esclavage imposé par son père.