Après les événements du film, Duke et Scarlett se rendent dans l'Arctique et libèrent Heavy Duty, Ripcord et Snake Eyes du centre de détention de M. A. R. S. Aussi, ils combattent la baronne et l'amènent à la fosse. En Egypte, les Joes apprennent que Cobra prend l'Apep( Gemme) et doit vaincre Firefly. Dans la jungle, les Joes apprennent que Cobra construit un bâtiment ressemblant à une pyramide au milieu de la jungle. De là, les Joes doivent vaincre James McCullen (qui prend maintenant l'identité de Destro) sur le toit du bâtiment pyramid. Enfin, ils doivent vaincre le Commandant Cobra et Storm Shadow à la base du Volcan du Pôle Magnétique Nord.
G.I. JOE : Le réveil du Cobra MULTI
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