Collin Mac Leod est un immortel. Il traverse les Ages depuis des siècles afin d assouvir sa vengeance contre Marcus, le général romain responsable du meurtre de sa femme et de l'extermination de son clan. Bien des siècles plus tard, dans la ville de New York dévastée par un virus, Colin retrouve enfin son ennemi. Mais, le combat du Highlander va se transformer en guerre pour sauver l'humanité.

Toby pense être un petit garçon comme les autres... jusqu'au jour où il découvre qu'il peut voler, possède une force surhumaine et même des super-pouvoirs ! Apprenant qu'il est en fait un robot créé par un scientifique de génie qui le considère comme son fils, il panique et s'enfuit... Il va pourtant se rendre compte que sa ville, Metro City, a besoin d'un justicier, et que son courage et ses pouvoirs font de lui un robot unique en son genre !

Depuis la défaite de leur ennemi juré The Shredder, les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur vieux gourou, le rat géant Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion au sein de cette tumultueuse équipe, et s'inquiète d'autant qu'il sent planer une lourde menace sur New York.De fait, le richissime industriel Max Winter est en train de lever une vaste armée de monstres aux fins de dominer le monde. Aidés de leurs fidèles comparses April O'Neil et Casey Jones, nos Tortues vont devoir livrer le plus féroce combat de leur vie en affrontant à nouveau le mystérieux clan des "Foot", recruté par le diabolique Winter...