Adaptation de la suite des Monogatari, située après la première saison (composée de Kizumonogatari, Nekomonogatari (noir), Bakemonogatari, Nisemonogatari). Ce sera la quatrième adaptation des light novels (romans) 7 à 12 : - Nekomonogatari (blanc) - Kabukimonogatari - Hanamonogatari - Otorimonogatari - Onimonogatari - Koimonogatari. Chaque roman de la deuxième saison met en scène une crise/péripétie qui se déroule la plupart du temps pendant les vacances d'Araragi lorsqu’il est en terminale.

Les Neuroi sont apparus en 1939 et ont entamé une invasion de l'Europe. Face à cet ennemi, les forces alliés créèrent les Strike Witches, des sorcières pouvant voler grâce à une unité striker, une machine volante fixée à leurs jambes. Ce sont les derniers espoirs de l'humanité.

Mina Tepes, dernière souveraine des vampires, souhaite révéler au monde l’existence de son peuple. Elle annonce la création d’une cité où ses semblables pourraient vivre paisiblement : Vampire Bund. Outre le choc de cette révélation pour l’humanité, la jeune princesse va se heurter à d’importantes protestations, venant aussi bien des humains que des vampires. Son désir de paix et de cohabitation sera rapidement compromis par de nombreux dangers qui la menacent. Mais Mina peut compter sur son fidèle garde du corps : Akira Kaburagi, son ami d’enfance, qui a juré de la protéger.

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi. Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi. Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire. Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…

Homura Akemi est la seule personne à se souvenir encore de Madoka après le sacrifice de cette dernière. Elle a échoué dans la mission qu'elle s'était imposée mais n'a pas abandonné l'espoir de revoir son amie. Pour survivre, elle continue donc le combat.

Morioka Kohei veut devenir photographe mais tout ce qu'il prend en photo, ne sont que des fantômes. Alors qu'il visite un vieux château en Allemagne, il rencontre une fille vampire, Hazuki. Celle-ci a été enfermée dans ce château et essaye un jour de sucer le sang de Kohei pour faire de lui son esclave mais elle échoue. Connaissant le moyen pour rompre le sort qui la retient prisonnière dans le château, elle s'échappe et s'en va au Japon pour y retrouver sa mère. Lorsqu'elle arrive au Japon, elle décide de se rendre dans la maison de Kohei qui vit avec son grand-père. Etant donné que Kohei a perdu sa mère lorsqu'il était jeune, Hazuki lui raconte son enfance et le jeune homme va donc l'aider à retrouver sa mère. C'est alors qu'une autre fille vampire, Elfried, et le Comte Kinkell viennent la chercher pour la ramener au château.

Tôru Acura est un soldat âgé de 20 ans. La guerre étant terminée, il n'a désormais plus aucun but dans sa vie. Il rencontre un jour Chaika Trabant, une jeune sorcière de 14 ans qui transporte un cercueil avec elle. Dans l'espoir de trouver un sens à sa vie, il décide de la suivre, tout en étant accompagné de sa petite sœur adoptive, Akari.

La guerre fait rage entre Kreeshna et Athnès. Lygatt Arrow y croise un ancien ami à la tête d'un petit groupe de combattants d'élite qui attaque Kreeshna : Zeth. Ce dernier ne connaissant pas les termes réels de la demande de capitulation, ils en sont poussés à se battre l'un contre l'autre.

Lors d'une ultime attaque de Zeth et de son commando sur la capitale, il est mis en déroute par Lygatt Arrow et son Golem. Il doit alors s'échapper vers la frontière. Lygatt Arrow, assailli de doutes, poursuit néanmoins le combat à bord de son Golem antique.

De plus en plus de signes montrent l'amour que porte la reine Shee-Gyun pour Lygatt Arrow. Semblant l'ignorer, ce dernier s'enfonce de plus en plus dans la guerre à bord de son Golem. Lors d'une embuscade du général True, Elsa nommé à la tête d'une unité spéciale met en déroute l'armée d'Athnès.

Sur le continent de Cruson, une guerre est sur le point d'éclater entre le Royaume de Kreeshna et la fédération d'Athnès. Terre dépourvue de carburant, une nouvelle technologie fut créée, mêlant magie et minéral : la manipulation du Quartz. Lygatt Arrow est un « impuissant ». Il ne peut contrôler le Quartz et par conséquent toute la technologie actuelle. Il se retrouve au cœur du conflit malgré lui.

Le village natal de Lygatt Arrow se trouve sur le chemin des armées ennemies. Malgré les ordres, il décide de partir sauver son frère. Il se retrouver alors fait prisonnier. C'est alors qu'Elsa se décide d'aller le sauver.

Au royaume de Kôka, la princesse Yona s’apprête à fêter son seizième anniversaire. Elle a tout pour être heureuse : son garde du corps, Hak, veille sur elle depuis son enfance et elle s’apprête à accueillir son cousin, Soo-Won, qu'elle souhaite épouser. Mais une terrible tragédie va bouleverser sa vie, l’obligeant à fuir le château...

Kaiba se réveille avec un trou dans la poitrine dans un étrange monde où le seigneur Warp règne en Tiran. La particularité de ce monde c'est que même lorsqu'un corps meurt ses souvenirs sont gardés sous forme de puce conique. On peut ainsi transférer les souvenirs de la personne dans un nouveau corps. Mais une organisation secrète s'oppose à cette pratique et veut mettre un terme à tout cela. Quant à Kaiba, il part à la recherche de sa vie antérieure en compagnie de Vanilla un chérif (du vaisseau spatial qui le transport dans l'univers) un peu étrange...

Les Neuroi sont apparus en 1939 et ont entamé une invasion de l'Europe. Face à cet ennemi, les forces alliés créèrent les Strike Witches, des sorcières pouvant voler grâce à une unité striker, une machine volante fixée à leurs jambes. Ce sont les derniers espoirs de l'humanité.